Quando Achille Grandi scelse i dirigenti per la nuova organizzazione, le Acli, fece subito il nome di Giulio Pastore per ricoprire l’incarico di segretario generale. Pastore si trovò a dirigere le Acli in prima persona, essendo il presidente Grandi impegnato nella Cgil e spesso ricoverato, e il vice-presidente Veronese più che altro intento a stabilire i necessari accordi con l’autorità ecclesiastica.
È, quindi, suo il progetto organizzativo Acli: circoli, nuclei aziendali, categorie. E si deve sempre alla spinta di Pastore l’impostazione delle attività delle Acli nel campo della formazione e dei servizi. La prima forma di servizio con cui le Acli si rendono visibili sul territorio e tra la gente è il Patronato, che si costituisce “quale organo delle Associazioni cristiane lavoratori italiani, per i servizi sociali dei lavoratori” (dall’atto costitutivo del 3 aprile 1945) e di cui Giulio Pastore è il primo presidente.
Si deve all’opera infaticabile di Pastore lo slancio che le nuove associazioni ebbero sin da subito nonostante le difficoltà del tempo, legate alla ricostruzione, e nonostante le diffidenze naturali verso nuove forme di organizzazione, come le Acli, non previste, non collaudate, non facilmente collocabili e comprensibili.
Dalla segreteria generale delle Acli, Pastore si dimise nell’aprile 1946, essendo diventato – dopo il I Congresso Nazionale della DC – un dirigente organizzativo del partito. Rimase però presidente del Patronato Acli, fino alla primavera del 1947, quando sostituì Rapelli nella segreteria confederale Cgil. A lui si devono perciò l’elaborazione dello statuto del nuovo ente aclista, il rapido sviluppo organizzativo, l’avvenuta autorizzazione da parte del Ministero del Lavoro (marzo 1945) e il lavoro preparatorio per il riconoscimento giuridico in base alla legge del luglio 1947 (riconoscimento avvenuto per decreto del ministero del lavoro il 29 dicembre 1947).
Il riconoscimento giuridico premiava una realtà viva ed operante e non una lettera di intenti. Fu la vastità e la validità dell’impegno del patronato Acli che mise a tacere, al I Congresso Nazionale della Cgil (giugno 1947), i propositi di quanti volevano approfittare dell’occasione per dichiarare non lecita l’esistenza di un ente di patrocinio che facesse concorrenza all’Inca (Istituto Nazionale Confederale di Assistenza), ente dell’organizzazione sindacale unitaria. Pastore, durante il Congresso, presentò un’ampia relazione sulle attività e sulla situazione dell’ente radicato anche all’estero potendo contare su un segretario generale in Belgio, in Francia, in Svizzera, in Germania e in Argentina che convinse gli oppositori ad accettarne l’esistenza.